Wyposażenie:
- Sekwenator NGS NextSeq 2100, Illumina- najnowszy personalny sekwenator o dużej przepustowości. System pozwala na sekwencjonowanie nawet do 120Gb, zapewniając jednocześnie szybkość, prostotę obsługi oraz dostępność kosztową porównywalną z dostępnymi dotychczas personalnymi systemami NGS. System NextSeq™ 2000 umożliwia wykonanie wszystkich aplikacji NGS, w tym sekwencjonowania egzomów, genomów oraz transkryptomów w pojedynczej reakcji. Nie wymaga specjalistycznego sprzętu dodatkowego. NextSeq™ 2000 łączy w sobie najnowsze rozwiązania w zakresie optyki, projektowania oraz odczynników do sekwencjonowania w celu zmniejszenia ich objętości zwiększając przepustowość systemu i redukując koszt sekwencjonowania.
- Sekwenator NGS MiniSeq, Illumina- to personalny system do sekwencjonowania następnej generacji charakteryzujący się uproszczonym trybem pracy i wysoką jakością wyników otrzymywaną w mniej niż 1 dzień. Wszystkie odczynniki systemowe wymagane do przeprowadzenia reakcji sekwencjonowania są zintegrowane w pojedynczym wkładzie odczynnikowym, minimalizując ilość etapów przygotowawczych i redukując potencjalne błędy manualne. MiniSeq jest kompatybilnymi z wieloma panelami genowymi umożliwiającymi przygotowanie prób do celowanego resekwencjonowania oraz z odczynnikami serii Nextera, które umożliwiają analizy amplikonów i małych genomów. Umożliwiając generowanie do około 7,5Gb w pojedynczej reakcji, MiniSeq jest sekwenatorem następnej generacji integrującym etapy amplifikacji, sekwencjonowania i analizy danych w jednym urządzeniu o niewielkich rozmiarach. Połączenie prostych protokołów i wysokiej dokładności z możliwością analizy danych w chmurze, czyni system idealną platformą do szybkiej i ekonomicznej analizy genetycznej.
- Serwer analityczny Intelliseq/ Thomas-Krenn- Serwer kompatybilny z systemami do sekwencjonowania następnej generacji Illumina (obsługującymi pliki w formacie fastq)Pliki wyjs ciowe: Raporty z kontroli jakości (FastQC), uliniowienia do genomu referencyjnego Grch38 (BWA), zidentyfikowane warianty (GATK), annotacje (ClinVar, SIFT, PolyPhen, gnomAD, HPO)Pliki wyjs ciowe: Raporty z kontroli jakos ci (FastQC), uliniowienie do genomu referencyjnego Grch 38 (HiSat2), zliczenia odczytów dla genów oraz transkryptów (Cuffquant).
- System TapeStation 4150, Agilent Technologies- umożliwia całkowicie automatyczną elektroforezę kapilarną DNA i RNA. Analiza jednej próbki trwa krócej niż dwie minuty. System TapeStation4150 podczas analizy samodzielnie pobiera, nakłada, rozdziela, obrazuje i analizuje dowolną liczbę próbek w zakresie 1-16.
- Fluorometr Quantus, Promega- dwukanałowy fluorometr dostosowany do indywidualnych potrzeb użytkownika w zakresie analiz ilościowych. Urządzenie zapewnia wysoką czułość detekcji sygnału fluorescencyjnego w procesie oznaczania ilościowego kwasów nukleinowych i białek.
- System BluePippin, Sage Science Inc.- Aparat BluePippin to najlepsza alternatywa do ręcznego wycinania DNA z fragmentów żelu agarozowego oraz ich oczyszczania z użyciem odpowiednich zestawów. BluePippin działa w technologii elektroforezy agarozowej pulsacyjnej z wykorzystaniem gotowych kaset żelowych o określonej procentowości agarozy. System zapewnia frakcjonowanie DNA, a następnie automatyczną izolację frakcji cząsteczek o zadanej przez użytkownika wielkości. System charakteryzuje się dodatkową możliwością rozdziału dużych fragmentów DNA dzięki zastosowaniu elektroforezy pulsacyjnej. System BluePippin jest przeznaczony do powtarzalnego zbierania fragmentów do 50kb.
- Digital PCR system ProFlex PCR System and QuantStudio 3D, Applied Biosystems by Life Technologies- cyfrowa analiza PCR rozszerza granice zastosowania tradycyjnego PCR w czasie rzeczywistym, pozwalając na bezwzględne oznaczanie ilościowe bez stosowania krzywej wzorcowej. Dzięki cyfrowej analizie PCR badacze mogą wykraczać poza pomiary Ct i wykrywać poszczególne cząsteczki DNA, uzyskując dodatkową czułość i dokładność różnych badań.
- Real-time PCR (blok 384- dołkowy) QuantStudio 5, Applied Biosystems by Life Technologies- system do PCR w czasie rzeczywistym.
- Real-time PCR (blok 96-dołkowy) Llight Cycler96, Roche- system do PCR w czasie rzeczywistym. Zastosowania obejmują bezwzględną i względną kwantyfikację, analizę krzywej topnienia i genotypowanie punktów końcowych.
- Termocykler Simpli Amp Thermal Cycler, Applied Biosystems by Thermo Fisher Scientific.
- Termocycler Proflex 96, Applied Biosystems by Life Technologies.
- Separator (statyw) magnetyczny Magtivio MM-Separator M96- blok zbudowany z odpornego chemicznie polioksymetylenu (POM) przeznaczony do ręcznego procesowania płytek 96 dołkowych oraz płytek PCR. Separator umożliwia łatwy rozdział kulek magnetycznych z płynów do różnego zastosowania z użyciem pipet 1-, 8-i 12-kanałowych. Separator posiada 24 silne magnesy rozmieszczone na całej powierzchni bloku. Separator magnetyczny jest kompatybilny również z procedurami związanymi z sekwencjonowaniem następnej generacji (przygotowanie bibliotek).
- Spektrofotometr (Nanodrop) Nabi, Microdigital- urządzenie do pomiaru DNA, RNA, białka w kropli oraz w kuwecie.
- Wirówka z chłodzeniem 5424R, Eppendorf.
- Wytrząsarka IKA MS 3 Control